La FUPRO-BENIN est le sommet de la pyramide des organisations paysannes regroupées du niveau village au niveau national.

Elle compte environ 3.500 Groupements Villageois (GV) réuni en 77 Unions Sous-Préfectorales des Producteurs (USPP) qui a leur tour en 6 Unions Départementales des Producteurs (UDP).

La FUPRO-BENIN est aussi ouverte aux autres corps de métiers agricoles qui ne trouvent pas leur compte dans les débats actuels qu’elle mène.